Ein Server alleine macht noch lange keinen Online-Shop. Der Server ist nur die technische Grundlage, die man benötigt, um einen Online-Shop zu betreiben. Damit man seine Produkte im Internet präsentieren kann, ist es nötig eine Shopsoftware auf diesem Server zu installieren. Es gibt eine große Auswahl an verschiedenen Softwaresystemen in diesem Bereich. Neben großen kommerziellen Systemen besteht auch die Möglichkeit auf eine Open Source Lösung zurückzugreifen. Solche Software wird von Communitys entwickelt, die diese dann kostenlos im Internet zur Verfügung stellen. Mittlerweile sind diese Softwarelösungen sehr ausgereift und auch für den professionellen Einsatz geeignet. Wer jedoch einen größeren Shop betreiben möchte, der sehr stark frequentiert ist, sollte unter Umständen auf ein kommerzielles Produkt vertrauen. Neben einer regelmäßigen Entwicklung wird zudem auch noch ein Support garantiert, der alle anfallenden Fragen klärt. Manche Shops benötigen darüberhinaus auch noch spezielle Erweiterungen. In diesem Bereich haben die Open Source Produkte einen Vorteil, weil es in der Community viele Programmierer gibt, die gegen eine kleine Aufwendung individuelle Erweiterungen anbieten.
Die Auswahl eines Shopsystems sollte möglichst sorgfältig vorbereitet werden und man sollte sich zunächst eine Liste mit den wichtigsten Anforderungen zusammenstellen. Überlegungen zur Bezahlung und dem Versand sollten jetzt schon mit einfließen.